Nei giacimenti gli idrocarburi sono associati alle acque di strato o di produzione che contengono composti organici (idrocarburi e non, additivi chimici utilizzati per migliorare il processo estrattivo) ed inorganici (sali, metalli pesanti in quantità minime), con concentrazioni variabili a seconda della localizzazione del giacimento, delle caratteristiche delle rocce di cui esso è costituito e delle caratteristiche degli idrocarburi. E' necessario, quindi, che l'acqua venga separata e trattata per essere smaltita. In Val d'Agri lo smaltimento delle acque di produzione avviene mediante reiniezione in unità geologiche profonde. Prima della reiniezione, le acque di processo vengono sottoposte a separazione del gas ad esse associate, disoleazione e degasaggio (Figura 6). Dopo un ulteriore stadio di filtrazione per eliminare le particelle oleose e solide ancora presenti, le acque così trattate vengono stoccate in attesa di essere iniettate nel pozzo Costa Molina 2.

Figura 6 - Processo del trattamento dell'acqua di estratto.